SO.GE.MI. applica un Piano di Autocontrollo secondo le norme HACCP e di campionamento in accordo con il Servizio Veterinario e supporta gli operatori di Mercato nella stesura dei Manuali di Autocontrollo (HACCP) anche con l'organizzazione di incontri di formazione per operatori e acquirenti del Mercato (normativa, tracciabilità, sicurezza alimentare, correttezza della etichettatura e dei documenti commerciali).

Un tecnico veterinario della ASL è presente in Mercato negli orari di contrattazione e vendita e effettua, oltre alle analisi di laboratorio per evidenziare microrganismi patogeni e/o sostanze tossiche, anche il controllo sulla etichettatura dei prodotti.