SO.GE.M.I., tramite il proprio ufficio "Qualità e Sicurezza Alimentare", cura specificatamente la diffusione delle conoscenze delle problematiche igienico-sanitarie che attengono i mercati (compreso il sistema di autocontrollo HACCP), con l'obiettivo di perseguire anche l'accrescimento del livello qualitativo dei prodotti alimentari commercializzati e promuovere l'adozione di sistemi di tracciabilità.

Il servizio in questione è stato istituito al fine di razionalizzare gli interventi di controllo e agire in maniera preventiva lungo tutto il processo produttivo, passando dal concetto di controllo della qualità a quello di garanzia della qualità.

I compiti principali dell'Ufficio sono i seguenti:

1) Adeguare le strutture alle normative di Sicurezza Alimentare
2) Gestire i rapporti con le ASL e gli organismi preposti per il controllo
3) Formare la professionalità di tutte le categorie di operatori attivi nella catena del valore dell'Alimentazione
4) Predisporre con efficacia i piani di campionamento per la valutazione delle condizioni igieniche delle strutture dei Mercati
5) Coordinare in modo continuo le attività che garantiscono la Sicurezza Alimentare nei Mercati
6) Sviluppare iniziative per la diffusione della cultura della sicurezza alimentare fra gli operatori presenti nei Mercati.

Le attività attinenti la sicurezza alimentare effettuate da SO.GE.M.I. e riportate mercato per mercato, si aggiungono alle attività di autocontrollo (HACCP) svolte da ciascuna società e ai controlli e alle verifiche eseguite per Legge dagli Enti istituzionali preposti nei diversi comparti merceologici, quali ad esempio: Servizio sanitario nazionale - ASL, Servizio veterinario - ASL, Agecontrol, Vigili Annonari, Capitaneria di Porto, Guardia di Finanza, NAS, ecc...